정부는 참여복지 5개년 계획에서 2008년까지 건강보험의 보장성을 선진국 수준인 70%까지 단계적으로 확대한다는 방안을 제시하였다. 그러나 일부부처에서는 건강보험기금화 및 국고지원축소라는 보장성 강화에 역행하는 정책을 시행하려 하고 있다.

기금제도는 국민연금의 경우와 같이 장기간 자금을 적립 운영하여 미래지출에 대비하는 적립방식에는 효율적이지만,건강보험은 의료서비스를 제공하는 단기보험으로서 당기수지균형방식으로 운영되며,월 단위로 보험료 고지.징수 및 급여비 지급이 이루어 지므로 여유자금이 조성되지 않기 때문에 기금화는 필요치 않으며,
건강보험의 기금화로 기금운용계획 및 예산의 정부통제가 강해질수록 공단의 자율성은 저하되며,건강보험 보장성 강화 정책에 부정적인 영향을 미치게 되고,보험료율,수가인상 수준 등이 포함된 기금운용계획에 대한 국회 심의.의결 과정에서 강력한 이익단체(시민단체,의,약단체 등)의 요구가 대립되어 정치쟁점화될 개연성이 매우 높아 결국은 국민불편 및 의료계의 불만으로 이어져 이를 해결하는데 소요되는 사회적비용도 만만치 않을 것이다.

건강보험재정의 기초가 되는 보험료,수가,급여범위의 결정은 이해당사자(보험자,가입자,의료공급자)의 참여를 통한 자율적 결정이 바람직하다고 본다